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请教shakuras和其它在医学数据部门工作的童鞋
[版面:生物学][首篇作者:dimorphism] , 2019年09月08日12:28:39 ,2754次阅读,37次回复
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dimorphism
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发信人: dimorphism (雷小阿伦), 信区: Biology
标  题: 请教shakuras和其它在医学数据部门工作的童鞋
发信站: BBS 未名空间站 (Sun Sep  8 12:28:40 2019, 美东)

小弟不才,薄厚两年半,心气有点泄了,不太想继续了。国内一个大医院在筹建数据中
心,有一个机会,工作岗位不明。

我读博的时候,顺手捞了一个统计硕士,统计建模之类的相当扎实,工作中也经常用到
。但编程技能相当弱。想请教一下,如果想去医学院附属的数据中心发展(比如芝大那
个translational data center),有什么技能(软件?算法?)是几个月之内能强化到
去了之后就能即插即用的。

谢谢各位专家点拨
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shakuras
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发信人: shakuras (doskey), 信区: Biology
标  题: Re: 请教shakuras和其它在医学数据部门工作的童鞋
发信站: BBS 未名空间站 (Mon Sep  9 00:26:55 2019, 美东)

点名问的哈,

这种医学院附属的数据中心,大概有三种吧。

第一种是给医院服务的,帮助build各种系统什么的,和你没啥关系

第二种是负责给校内科研提供支持的,包括知识上的或者pipeline/cluster方面的。
既然是搞科研的,那要求肯定五花八门,但是基本编程,linux,科研能力这些一
般是要的

第三种是像我们芝大转化科学中心的,自己是一个独立的实体,和校内科研合作
不是必须,主要做大数据项目的。我们要求其实和第二类差不多,当然独立科研
的能力要求没那么高,但是反过来,编程,pipeline,云计算这些希望经验再丰富
一点。

【 在 dimorphism (雷小阿伦) 的大作中提到: 】
: 小弟不才,薄厚两年半,心气有点泄了,不太想继续了。国内一个大医院在筹建数据中
: 心,有一个机会,工作岗位不明。
: 我读博的时候,顺手捞了一个统计硕士,统计建模之类的相当扎实,工作中也经常用到
: 。但编程技能相当弱。想请教一下,如果想去医学院附属的数据中心发展(比如芝大那
: 个translational data center),有什么技能(软件?算法?)是几个月之内能强化到
: 去了之后就能即插即用的。
: 谢谢各位专家点拨



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shakuras
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发信人: shakuras (doskey), 信区: Biology
标  题: 借主题招人了 Re: 请教shakuras和其它在医学数据部门工作的童鞋
发信站: BBS 未名空间站 (Mon Sep  9 00:37:38 2019, 美东)

芝加哥大学转化数据科学中心(原名大数据科学中心)https://ctds.uchicago.edu
继续招收bioinformatician/ computational biologist/ scientific programer.

这个职位是主要是为Genomics Data Commons设置的,要求熟悉二代测序pipeline开发。

https://uchicago.wd5.myworkdayjobs.com/External/job/Shoreland/Senior-
Bioinformatician_JR06313
https://uchicago.wd5.myworkdayjobs.com/External/job/Shoreland/Senior-
Bioinformatician_JR05236


【 在 dimorphism (雷小阿伦) 的大作中提到: 】
: 小弟不才,薄厚两年半,心气有点泄了,不太想继续了。国内一个大医院在筹建数据中
: 心,有一个机会,工作岗位不明。
: 我读博的时候,顺手捞了一个统计硕士,统计建模之类的相当扎实,工作中也经常用到
: 。但编程技能相当弱。想请教一下,如果想去医学院附属的数据中心发展(比如芝大那
: 个translational data center),有什么技能(软件?算法?)是几个月之内能强化到
: 去了之后就能即插即用的。
: 谢谢各位专家点拨



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发信人: dimorphism (雷小阿伦), 信区: Biology
标  题: Re: 请教shakuras和其它在医学数据部门工作的童鞋
发信站: BBS 未名空间站 (Tue Sep 10 16:01:36 2019, 美东)

thanks very much

【 在 shakuras (doskey) 的大作中提到: 】
: 点名问的哈,
: 这种医学院附属的数据中心,大概有三种吧。
: 第一种是给医院服务的,帮助build各种系统什么的,和你没啥关系
: 第二种是负责给校内科研提供支持的,包括知识上的或者pipeline/cluster方面的。
: 既然是搞科研的,那要求肯定五花八门,但是基本编程,linux,科研能力这些一
: 般是要的
: 第三种是像我们芝大转化科学中心的,自己是一个独立的实体,和校内科研合作
: 不是必须,主要做大数据项目的。我们要求其实和第二类差不多,当然独立科研
: 的能力要求没那么高,但是反过来,编程,pipeline,云计算这些希望经验再丰富
: 一点。



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dimorphism
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发信人: dimorphism (雷小阿伦), 信区: Biology
标  题: Re: 借主题招人了 Re: 请教shakuras和其它在医学数据部门工作的童
发信站: BBS 未名空间站 (Tue Sep 10 16:01:52 2019, 美东)

very helpful, thanks a gain

【 在 shakuras (doskey) 的大作中提到: 】
: 芝加哥大学转化数据科学中心(原名大数据科学中心)https://ctds.uchicago.edu
: 继续招收bioinformatician/ computational biologist/ scientific programer.
: 这个职位是主要是为Genomics Data Commons设置的,要求熟悉二代测序pipeline开
发。
: https://uchicago.wd5.myworkdayjobs.com/External/job/Shoreland/Senior-
: Bioinformatician_JR06313
: https://uchicago.wd5.myworkdayjobs.com/External/job/Shoreland/Senior-
: Bioinformatician_JR05236



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higness
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发信人: higness (higness), 信区: Biology
标  题: Re: 请教shakuras和其它在医学数据部门工作的童鞋
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Sep 12 00:06:18 2019, 美东)


【 在 dimorphism (雷小阿伦) 的大作中提到: 】
: 小弟不才,薄厚两年半,心气有点泄了,不太想继续了。国内一个大医院在筹建数据中
: 心,有一个机会,工作岗位不明。
: 我读博的时候,顺手捞了一个统计硕士,统计建模之类的相当扎实,工作中也经常用到
: 。但编程技能相当弱。想请教一下,如果想去医学院附属的数据中心发展(比如芝大那
: 个translational data center),有什么技能(软件?算法?)是几个月之内能强化到
: 去了之后就能即插即用的。
: 谢谢各位专家点拨

为什么不继续呢,感觉你这个方向有个一作Nature Biotechnology/methods/genetics
就能找到教职了。。。换个实验室拼一把?

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发信人: dimorphism (雷小阿伦), 信区: Biology
标  题: Re: 请教shakuras和其它在医学数据部门工作的童鞋
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Sep 12 15:25:36 2019, 美东)

换实验室没有必要。目前project还是很好的,老板也很支持。但是属于high risk,
high reward的那种,心里打鼓的厉害。刚好心里也想回国了。所以到版上问问

【 在 higness (higness) 的大作中提到: 】
: 为什么不继续呢,感觉你这个方向有个一作Nature Biotechnology/methods/
genetics
: 就能找到教职了。。。换个实验室拼一把?



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发信人: dimorphism (雷小阿伦), 信区: Biology
标  题: Re: 请教shakuras和其它在医学数据部门工作的童鞋
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Sep 12 15:26:14 2019, 美东)

目前想拼下nature neuroscience,拼到了,也准备回国发展了

【 在 higness (higness) 的大作中提到: 】
: 为什么不继续呢,感觉你这个方向有个一作Nature Biotechnology/methods/
genetics
: 就能找到教职了。。。换个实验室拼一把?



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higness
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发信人: higness (higness), 信区: Biology
标  题: Re: 请教shakuras和其它在医学数据部门工作的童鞋
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Sep 12 18:40:27 2019, 美东)


【 在 dimorphism (雷小阿伦) 的大作中提到: 】
: 目前想拼下nature neuroscience,拼到了,也准备回国发展了
: genetics


你博士阶段有这些Nature或者Cell大子刊的话,感觉发一两片Genome biology/
research 估计就够了。

加油。
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dimorphism
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发信人: dimorphism (雷小阿伦), 信区: Biology
标  题: Re: 请教shakuras和其它在医学数据部门工作的童鞋
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Sep 12 20:34:18 2019, 美东)

thanks

【 在 higness (higness) 的大作中提到: 】
: 你博士阶段有这些Nature或者Cell大子刊的话,感觉发一两片Genome biology/
: research 估计就够了。
: 加油。



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nowhere7
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发信人: nowhere7 (折腾), 信区: Biology
标  题: Re: 请教shakuras和其它在医学数据部门工作的童鞋
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Oct 10 01:53:07 2019, 美东)

如果是偏科研的,用好python/R的各种包就好了
如果是偏工程的,会java就好了,不过这个不跟着做项目不好练级
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ciphergene
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发信人: ciphergene (快转业的生物学家), 信区: Biology
标  题: Re: 请教shakuras和其它在医学数据部门工作的童鞋
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Oct 10 23:31:08 2019, 美东)


【 在 dimorphism (雷小阿伦) 的大作中提到: 】
: 小弟不才,薄厚两年半,心气有点泄了,不太想继续了。国内一个大医院在筹建数据中
: 心,有一个机会,工作岗位不明。
: 我读博的时候,顺手捞了一个统计硕士,统计建模之类的相当扎实,工作中也经常用到
: 。但编程技能相当弱。想请教一下,如果想去医学院附属的数据中心发展(比如芝大那
: 个translational data center),有什么技能(软件?算法?)是几个月之内能强化到
: 去了之后就能即插即用的。
: 谢谢各位专家点拨

You can apply industry job. R or python. You can learn GUI Software in a
few hours.

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shakuras
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发信人: shakuras (doskey), 信区: Biology
标  题: Re: 请教shakuras和其它在医学数据部门工作的童鞋
发信站: BBS 未名空间站 (Sat Oct 12 18:24:54 2019, 美东)

学python
学python
学python
重要的事情说三遍
不是说好不好用,而是好不好找工作。我估计找工作的方便程度python = 5 java = 50
R
【 在 nowhere7 (折腾) 的大作中提到: 】
: 如果是偏科研的,用好python/R的各种包就好了
: 如果是偏工程的,会java就好了,不过这个不跟着做项目不好练级



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nowhere7
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发信人: nowhere7 (折腾), 信区: Biology
标  题: Re: 请教shakuras和其它在医学数据部门工作的童鞋
发信站: BBS 未名空间站 (Sat Oct 12 20:36:38 2019, 美东)

你说找啥工作?
找bioinfo,可能是python好使
找data scientist,也可能是
找software develop engineer,就肯定不是了

而工作数量比较 bioinfo : ds : sde 大致是 1:10:100
收入水平 bioinfo < ds < sde
需要学习的知识 bioinfo > ds > sde

而且学python是个伪命题,两点:
1. python的卖点就是易学,中位数水平的java写手摸几个小时就能达到python写手的
中位数水平。反过来就不行了。很多python写手,特别是bioinfo的python写手只会写
脚本,对OOP根本没入门

2. 用python不是用python本身,而是各种层出不穷的包,每个包都类似个DSL,都是要
学。不难但是很繁,把各种主流包用好下的功夫不必学java啥的少。

java/c#也很多包,但是由于强力的IDE支持,上手不要太快,连蒙带试代码就出来了。
大部分包也是java/c#写的,想深入了解看看源代码就清楚怎么实现的了

python嘛,有性能需求的地方得上c/c++,你得再学这些才能改源码修bug。之前一个课
题需要,我改过SK-learn的一些源码,只是python部分,因为我的c/c++经验很有限。

至于开发体验,用java/c#这样的静态OOP语言不要太爽,电脑可以帮你考虑很多细节,
比python无脑多了。写点小脚本还是python操快猛。

python最大的卖点是data science, ML/DL之类,这得感谢numpy
就编程工作机会和职业发展,还是java/c#价值高

我的两分钱

【 在 shakuras (doskey) 的大作中提到: 】
: 学python
: 学python
: 学python
: 重要的事情说三遍
: 不是说好不好用,而是好不好找工作。我估计找工作的方便程度python = 5 java =
50
:  R



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发信人: shakuras (doskey), 信区: Biology
标  题: Re: 请教shakuras和其它在医学数据部门工作的童鞋
发信站: BBS 未名空间站 (Sun Oct 13 00:48:23 2019, 美东)

那确实是。我说的是本版的,也就是bioinfo,ML, data science这方面。

另外,就算码工java还是老大,但是python很猛 啊 https://www.codeplatoon.org/wp
-content/uploads/2019/04/Screen-Shot-2019-04-23-at-1.22.10-PM-1020x1030.png
【 在 nowhere7 (折腾) 的大作中提到: 】
: 你说找啥工作?
: 找bioinfo,可能是python好使
: 找data scientist,也可能是
: 找software develop engineer,就肯定不是了
: 而工作数量比较 bioinfo : ds : sde 大致是 1:10:100
: 收入水平 bioinfo < ds < sde
: 需要学习的知识 bioinfo > ds > sde
: 而且学python是个伪命题,两点:
: 1. python的卖点就是易学,中位数水平的java写手摸几个小时就能达到python写手的
: 中位数水平。反过来就不行了。很多python写手,特别是bioinfo的python写手只会写
: ...................



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发信人: nowhere7 (折腾), 信区: Biology
标  题: Re: 请教shakuras和其它在医学数据部门工作的童鞋
发信站: BBS 未名空间站 (Sun Oct 13 01:15:42 2019, 美东)

这个图坐标不明确,不好参考

感觉是对数scale的相对变化,这个还是没有绝对值有说服力
有的语言可能一夜之间流行度增加十倍,从0.001% 到 0.01% :)

还有数据收集的bias
比如java的position,可能JD里面顺便写个python
而只要python的position,写个java的可能性就不大了

你是做数据的,你明白的

我个人不喜欢python就两个原因
1. 得懂c/c++, 不然纯python实现有些东西太慢了
2. 写复杂点的东西比用C#累,包括IDE提示,debug,deploy等等

几十行的脚本写写还是不错的。另外做数据相关的也只能用python才能快猛了

【 在 shakuras (doskey) 的大作中提到: 】
: 那确实是。我说的是本版的,也就是bioinfo,ML, data science这方面。
: 另外,就算码工java还是老大,但是python很猛 啊 https://www.codeplatoon.org/
wp
: -content/uploads/2019/04/Screen-Shot-2019-04-23-at-1.22.10-PM-1020x1030.
png



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发信人: wccbip (Biokill), 信区: Biology
标  题: Re: 请教shakuras和其它在医学数据部门工作的童鞋
发信站: BBS 未名空间站 (Sun Oct 13 04:01:49 2019, 美东)

被北京某医院耍过的人现身说法。我建议别去,工资不高,待遇不好。人家医生在医院
美滋滋,你一个后台辅助部门没钱没人脉,不如去高校。医院管理很混乱,给你说好的
待遇也不知道能兑现多少。你要是真想做生物统计,去个实验室专门做生统,找个相关
的教职算了。
【 在 dimorphism (雷小阿伦) 的大作中提到: 】
: 小弟不才,薄厚两年半,心气有点泄了,不太想继续了。国内一个大医院在筹建数据中
: 心,有一个机会,工作岗位不明。
: 我读博的时候,顺手捞了一个统计硕士,统计建模之类的相当扎实,工作中也经常用到
: 。但编程技能相当弱。想请教一下,如果想去医学院附属的数据中心发展(比如芝大那
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发信人: wccbip (Biokill), 信区: Biology
标  题: Re: 请教shakuras和其它在医学数据部门工作的童鞋
发信站: BBS 未名空间站 (Sun Oct 13 04:05:05 2019, 美东)

你做数据方向的,在医院搞不好还没那些做生物实验的研究员吃香呢,人家发文章影响
因子高,科室主任喜欢,去了以后人家觉得你是个修电脑的。。。
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发信人: dimorphism (雷小阿伦), 信区: Biology
标  题: Re: 请教shakuras和其它在医学数据部门工作的童鞋
发信站: BBS 未名空间站 (Sun Oct 13 17:04:13 2019, 美东)

re

i began to learn python early this year. haven't made much progress though

【 在 shakuras (doskey) 的大作中提到: 】
: 学python
: 学python
: 学python
: 重要的事情说三遍
: 不是说好不好用,而是好不好找工作。我估计找工作的方便程度python = 5 java =
50
:  R



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发信人: dimorphism (雷小阿伦), 信区: Biology
标  题: Re: 请教shakuras和其它在医学数据部门工作的童鞋
发信站: BBS 未名空间站 (Sun Oct 13 17:04:54 2019, 美东)

wow

learned so much from this reply. thanks

【 在 nowhere7 (折腾) 的大作中提到: 】
: 你说找啥工作?
: 找bioinfo,可能是python好使
: 找data scientist,也可能是
: 找software develop engineer,就肯定不是了
: 而工作数量比较 bioinfo : ds : sde 大致是 1:10:100
: 收入水平 bioinfo < ds < sde
: 需要学习的知识 bioinfo > ds > sde
: 而且学python是个伪命题,两点:
: 1. python的卖点就是易学,中位数水平的java写手摸几个小时就能达到python写手的
: 中位数水平。反过来就不行了。很多python写手,特别是bioinfo的python写手只会写
: ...................



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